Jika Museum Benteng Vredeburg bercerita tentang perjuangan dan kemerdekaan Indonesia, Museum Sonobudoyo cenderung menampilkan kebudayaan Jawa. Museum ini menyimpan sejumlah koleksi benda adat Jawa dan Keraton Jogja seperti wayang kulit, keris, hingga batik.
Selain itu, Museum Sonobudoyo juga memiliki koleksi arkeologi dan pembahasan mengenai sejarah Jawa sejak zaman purbakala. Berbagai kegiatan seperti membatik, pertunjukkan gamelan hingga wayang kulit diadakan secara rutin di museum ini.
Museum yang berada di Alun-Alun Utara Keraton Yogyakarta ini didirikan oleh Java Instituut, sebuah yayasan pada masa kolonial Belanda yang bergerak di bidang kebudayaan Jawa, Bali, Lombok dan Madura. Hingga saat ini, museum yang diresmikan Sri Sultan Hamengkubuwana VIII pada tahun 1935 ini merupakan museum dengan koleksi akan budaya dan sejarah Jawa terlengkap setelah Museum Gajah di Jakarta.